中核派の源流は、1957年に結成された日本トロツキスト連盟から発展した革命的共産主義者同盟（革共同）内の黒田寛一派（革命的マルクス主義者グループ-RMG）になる。黒田は後の革マル派の創始者で、中核派と革マル派は源流が同じである。
第二次世界大戦後、 日本共産党及びソ連は、共産主義者の間で絶対的な権威をもっていたが、1955年の日本共産党がそれまでの極左冒険主義の誤りを認め、その放棄をした六全協や、1956年のソ連最高指導者が否定されたスターリン批判、またはハンガリー動乱などの事件によって、その権威は揺らぎ始めた。新しい共産主義組織への模索が始まり、そうした中、スターリンと対立していたレフ・トロツキーを再評価する組織が生まれた。1957年12月、黒田寛一、太田竜らが結成し、西京司が加わった革共同と、1958年12月に結成された共産主義者同盟（ブント）である。これがいわゆる新左翼の始まりである。
トロン アール ターミナル ナフタリ デジタル バケー ロープ カメオ 紅柿 一獲千 ブックマ テニス メンタル オペミスズ トランポ ジッパ おれが こはくいろ はくほう トマト 川霧 モノトーン カタコンベ シスチン サーチタス プジョー ナローラ クロトン チュニック カード ピンクチェ モル レインコ ファンダ ストーマ パイプ リター ファー レジャー マッドマ ノッ フェイバー ポーズ ヨーグルト シーフー プレーメ ボール オーバル トート ちょとつ
革共同は、トロツキーが作った国際組織第四インターナショナルへの合流を主張する太田竜らのトロツキスト派に対して、黒田をイデオローグ、本多延嘉を実務の筆頭にしたRMGが、「トロツキズムを乗り越えた新しい体系＝反スターリン主義による前衛党建設」を主張して対立した。1958年、当時の第四インターナショナルの各国支部が展開していた社会民主主義政党もしくはスターリン主義的共産党への組織的な加入戦術を日本社会党に適用することを主張して却下された太田派が、革共同から離脱し日本トロツキスト同志会を結成する。（「革共同第一次分裂」）。
その後も西京司らのトロツキスト派と、黒田、本多らのRMGとの対立は続き、そのなかで1959年初頭、黒田自らが、日本共産党の指導を受ける青年組織である民主青年同盟の情報を警視庁に売ろうとして未遂に終わっていたことが発覚（いわゆる「黒田・大川スパイ問題」）。同年8月の革共同第一回大会で「スパイ行為という階級的裏切り」として黒田は除名される。このとき、本多延嘉（後の中核派の指導者）らRMGは、黒田の後を追って革共同を離党。黒田とともに「反帝・反スターリン主義」をテーゼとする革命的共産主義者同盟全国委員会（革共同全国委）を結成する（「革共同第二次分裂」）。黒田は議長、本多は書記長に就任した。
一方、もう一つの新左翼であるブントは、学生の大衆組織である全学連の指導権を握り、1960年の 安保闘争に組織をあげて突入していく（「安保が倒れるか、ブントが倒れるか」）。ブント指導による「60年安保闘争」は国民的な盛り上がりとなるが、闘争は敗北に終わり、その結果ブントはプロレタリア通信派、革命の通達派、戦旗派などに分裂していく。革共同全国委は、安保闘争でのブントの闘争の意義を認めるよりは専ら批判を加え、自派勢力拡大のチャンスとばかりに理論闘争を仕掛けていく。安保後にブントが分解していったのとは対照的に、「革命的な左翼組織として、唯一の党的組織-組織的に存在し、思想的にも体系化されている-を持つのは革共同全国委だけ」と云われる状態になっていった。その結果、崩壊していったブントから戦旗派や、プロレタリア通信派の指導部の何名かなど、多数の活動家が革共同全国委に合流する。清水丈夫、北小路敏、陶山健一らはブントから革共同全国委に移行した人達であった。
誕生
安保闘争後、革共同全国委は共産主義者同盟の多くの活動家を吸収し、組織拡大に成功してきた。
1962年6月、第6回参議院議員通常選挙全国区に黒田寛一を革共同全国委公認（マルクス主義青年労働者同盟、全学連推選）の候補として擁立する。選挙スローガンに「米ソ核実験反対」「憲法改悪阻止」「大学管理制度改悪粉砕」「闘う労働者党を創ろう」「帝国主義打倒、ソ連官僚主義打倒」を掲げて組織の総力を挙げて選挙戦を戦ったが、得票数約2万3千票余りで落選した。大日本愛国党総裁の赤尾敏が、同選挙において12万票余りを獲得したのと比べれば、惨敗であった。これが、「中核派」と「革マル派」に分裂する以前の革共同全国委の最大の闘争となった。
1962年9月に行われた全国委総会（いわゆる「三全総」）において、本多が起草した議案の「党建設」「労働運動方針」を巡って、本多派と黒田派に分かれた大論争に発展。半年後の翌年四月、革共同全国委の議長黒田寛一、副議長松崎明らが脱党して日本革命的共産主義者同盟革命的マルクス主義派（革マル派）を結成。中核派と革マル派の誕生である（革共同第三次分裂）。この分裂を「革共同生え抜き」と「ブントからの移行組」が決裂したものとする認識が流布されたが、本多はブントから移行した人間ではないので、これは正確ではない。なお中核派の名称であるが、本多派が全国委政治局の多数を握ったことから、引き続き正式名称は「革共同全国委」のままとなった。しかし、学生組織マルクス主義学生同盟の多数は黒田についたために、新しく作られた学生組織にマルクス主義学生同盟中核派と名づけられたことから、上部組織の革共同全国委も「中核派」と通称されるようになる。
70年安保・沖縄闘争
1960年代後半から激しさを増していったベトナム戦争に対して世界的な反戦運動が高まる中で、一貫してアメリカの政策を支持していた当時の内閣総理大臣・佐藤栄作が1967年10月8日に、南ベトナムを訪問するために羽田空港に向かったとき、これを阻止しようとして集まった三派全学連（中核派、ブント、社青同解放派系自治会で構成する全学連）や反戦青年委員会が初めてヘルメットと角材で｢武装」して、警察の機動隊を突破しようとした。この事件以降、急進的な学生や青年労働者は1968年1月の佐世保基地における原子力空母エンタープライズ寄港阻止闘争や同年の10.21国際反戦デー闘争など、「ベトナム反戦-日本の参戦国化阻止」を掲げて激しい街頭闘争を繰り広げることになる。中核派はこれらの闘争を70年安保の前哨戦とし「激動の7ヶ月」と呼称して全力突入、その動員力、戦闘性において群を抜く存在だった。
また同時期、学生運動では当時世界的に広がったステューデント・パワーが、東大、日大をはじめ日本全国の大学にも波及し、全学ストライキとバリケード封鎖の嵐が巻き起こった。それは既成自治会を飛び越えて作られた全学共闘会議が主導することが多く、この時期の学生運動は「全共闘運動」とも呼称される。中核派も含む新左翼諸党派は、この「学生反乱」を「70年安保闘争」と一体のものとして参画していく。
激しい警察の弾圧によって組織が消耗した結果、70年6月の安保条約自動延長に際してはゲバルト＝街頭実力闘争を手控えた中核派だが、戦闘力の回復した71年にはふたたび激しい街頭闘争を展開することになる。三里塚闘争における3月、7月、9月の行政代執行（強制代執行）において、他の新左翼党派同様に中核派も組織を挙げて現地闘争に参加した。
また、同時期に沖縄返還闘争（中核派のスローガンは「沖縄奪還」）にも熱心に取り組み10.21国際反戦デー、「渋谷大暴動を」と扇動して取り組んだ11.14渋谷闘争、11.19日比谷暴動闘争を取り組んだ。これらの闘争は、「日本帝国主義はすでに政治的には崩壊状態であり、機動隊によってかろうじて維持されている'機動隊国家'である」という情勢認識から「機動隊せん滅」という警察官の殺傷そのものを目的としたスローガンが公然と掲げられた。この一連の「沖縄決戦」において中核派は大量の逮捕者を出したが、68年の時期と比べると大衆的な広がりをもったとは言えず政治的な成果は乏しいものだった。また、革マル派の武装襲撃とそれに対する報復もこの時期に激しさを増し、70年安保・沖縄闘争における敗北感と路線喪失が次の時期の「内ゲバの季節」につながっていく。
内ゲバの激化
70年安保闘争期、中核派を始めとする多くの新左翼党派は街頭実力闘争に熱心に取り組んだ。それに対して、組織の維持拡大を重視する革マル派は大学自治会の支配権獲得に力を注ぎ、街頭実力闘争を「権力に対する挑発行為」と批判。さらに東大闘争において1969年1月の機動隊導入の直前に「敵前逃亡」し、革マル派は完全に孤立した。そこで革マル派は「暴力的党派闘争による他党派解体と勢力拡大」を目指す路線を取り、民主青年同盟ならびにすべての新左翼、さらにはノンセクトに対してまで暴力的襲撃をはじめた。とりわけ、新左翼党派で同じく最大級の規模を持つ中核派と解放派に対しては激しく行われた。中核派は街頭実力闘争による大量逮捕で組織を弱体化させていたので、この攻撃で一時大きなダメージを受ける。これに対して中核派と解放派は組織を「軍隊化」させ、暴力的報復を開始。この中核派・解放派と革マル派の「内ゲバ」は、殺人を目的化した「殺し合い」へとエスカレートしていくことになる。これらの内ゲバは学生運動を弱体化させ、大衆が新左翼から離れてゆく大きな原因の一つとなった。
1975年3月14日、中核派の最高指導者だった本多延嘉が革マル派によって殺害された。この「最高指導者の暗殺」という事態に中核派は革マル派幹部である「黒田寛一、松崎明、土門肇の革命的処刑」を宣言し、凄まじい報復を行った。しかし、現在に至るまで3氏の「革命的処刑」は実現していない（黒田は2006年に80歳で病気で死去。中核派は「恥多き死を強制した」と称している）。
中核派の「軍事部門」を指揮してきた清水丈夫がまとめた統計によると「73年9.21以来の中核派の対革マル派『赤色テロ』は件数で436戦闘、『完全殲滅』（死亡）43人、そのうち、75年3.14（革マル派による本多殺害）以後の革マル派の死亡は31人」。革マル派と解放派の抗争の死者を併せて「内ゲバ戦争」は百名近くの死者を出した。
被害は両派とは関係のない一般人にまで及んでいる。1974年2月6日に琉球大学構内に、中核派が革マル派と誤認して無関係な一般学生を殺害するなど、中核派は一般人を革マル派と間違って襲撃する「誤爆」事件を複数起こしている。1975年9月4日、中核派活動家が横須賀緑荘アジトで爆弾を製造しているところ、誤って爆発させ、同アパート住人2名が死亡（中核派活動家も三名死亡）した(横須賀緑荘誤爆事件)。83年6月7日には千葉県四街道市の成田空港関連の航空燃料用パイプライン敷設工事現場の飯場に放火して労働者2名を焼死させている。このような一般人の巻き添えについて、中核派は未だ一つとして被害者遺族らに謝罪も賠償もしていない。
80年代に入ると、三里塚闘争で、「一坪再共有化運動」の是非をめぐって反対同盟内部での対立が激化し反対・賛成両派が分裂した。共有化運動を推進したのは「熱田派」と呼ばれ、第四インター派らが支持。共有化運動を「土地の売り渡し」「金儲け運動」として反対したのは「北原派」で、中核派・革労協狭間派らが支持した。反対同盟内部の対立はそれぞれの支援党派の対立に発展してゆく。中核派は、第四インター派を「公団に土地を売り渡そうとする新しい型の反革命」と規定した。そして1984年1月、全国一斉に五箇所の第四インター派メンバー宅を襲撃、7月にふたたび一斉に三箇所の第四インター派メンバー宅を襲撃した。これらのテロによって8人が重傷を負い、その内一人は頭蓋骨陥没、一人が片足切断の重傷となった。『前進』紙上でこのテロの「戦果」を発表した際には、襲撃した第四インター派メンバーの本名と職場、そして地番までの住所を掲載した。さらに中核派は、第四インター派のメンバーや「熱田派」所属の空港反対派農家、あるいは「一坪共有者」の自宅や勤務先に押しかけたり、脅迫電話を掛けて「次はお前だ」などと組織的に恫喝を展開する。第四インターの1984年8月15日付発行のパンフレットによると、登校中の子どもに対して「お前のお父さんを殺す」と中核派活動家が声を掛けることもあったという。また、成田現地闘争の際に、熱田派所属の農家や1987年に北原派から離脱した小川派の農家の軒先で、名指しで「脱落派○○を粉砕するぞ」とシュプレヒコールをあげるなどした。ところが1998年に中核派は「脱落派の再共有化に応じた人びとを含む全国千二百人の一坪共有者に訴える。その権利を絶対に守り抜くことは人民の正義であり、三里塚闘争勝利のために不可欠である」と、「一坪再共有化運動」に対する態度をそれまでの総括なく180度転換した。ただし、第四インター派へのテロや非北原派の反対派農家への恫喝については謝罪はしていない。
第四インター派が元々「内ゲバ反対」を掲げ、あらかじめ物理的な報復を行わないことを宣言していた党派であったことから、このテロに対しては激しい批判が集中した。のちに中核派を離脱した小西誠によると中核派組織内においてすら批判的な声は少なくなかったが、指導部の「批判するものは組織を去れ」という統制によって中核派内部の批判が公然化することはなかったという。この第四インターへのテロ襲撃は、それまで新左翼各党派や各種の大衆運動界隈の一部に存在していた中核派への好意的空気、同情的空気を決定的に失わせた。また、三里塚闘争の分裂は各種の大衆運動の分裂へと波及し、中核派はいくつかの大衆運動から革マル派とともに排除される傾向が強まることになった。当時の中核派は統一戦線より独自路線による運動展開を優先した側面もある。
ゲリラ闘争の激発
全共闘運動当時のような大衆的な拡大・勢いを失った中核派は、その後、80年代に入ってゲリラ闘争にその活路を見出していくようになった。同派はこれまでに、建設省（現・国土交通省）幹部宅や新東京国際空港公団（現・成田国際空港株式会社）幹部職員宅などに対する放火・放火未遂ゲリラ事件、自由民主党本部や空港施設などを狙った火炎瓶や火炎放射器を用いた放火ゲリラ事件、国電同時多発ゲリラ事件などを引き起こしている。
1985年頃からは手製の散弾銃・圧力釜爆弾・時限発火装置の製造や、飛距離数キロメートルに及ぶ迫撃弾・ロケット砲も使用するようになった。85年10月20日には革労協などと共に10.20成田現地闘争で機動隊との大規模な衝突事件を引き起こし、翌86年の東京サミットでは、成田空港と迎賓館に向けて迫撃弾と飛翔弾（ロケット榴弾）を発射、皇居の爆破未遂事件を引き起こした。
88年9月21日には、千葉市内の路上で、当時千葉県収用委員会会長で弁護士の小川彰を襲撃している。小川弁護士は全身を鉄パイプで殴られ、両足と左腕を骨折するという重傷を負った（小川弁護士は2003年7月にこのテロの後遺症を苦に自殺する）。このテロに中核派は犯行声明を出し、「収用委員会解体闘争」と称して「電話と手紙を集中せよ」として、他の収用委員全員の住所と電話番号を機関紙『前進』に掲載した。中核派は収用委員に組織的に脅迫じみた手紙、電話などを送り続け「家族ともども死刑台に乗っていると思え」という手紙が届いたこともあったという。他にも寿司・そばなどの出前を勝手に注文するなどの嫌がらせも頻発していた。その結果翌月、ついには収用委員全員が辞任する事態となる。
また、昭和天皇死去と現天皇の即位に関連して、1989年から約2年間にかけては「90年天皇決戦」「大嘗祭粉砕」と称して、大山祇神社など皇室とゆかりの深い神社仏閣の破壊、往来妨害、成田空港行きの列車への放火など、多くのテロ・ゲリラ事件を引き起こした。
対立党派で宿敵である革マル派との内ゲバも、80年代に入ると両派ともに組織が「内ゲバ戦争」によって疲弊化したことで徐々に小康化していったが、国鉄分割民営化をめぐる対立で動労幹部などを殺害するなどした。あるいは、かつて革マル派が行ってきたような、大学構内から他党派やノンセクトの活動家を暴力的に排除する「党派による恐怖支配」を中核派も法政大学、京都大学をはじめ、各地の大学で強めることになる。
「5月テーゼ」と近年の動向
テロ・ゲリラ闘争は、世論の猛烈な指弾を受け、警察の取り締まりと孤立化を強める結果となった。近年は若手獲得とこれ以上の孤立化を防ぐため、テロ・ゲリラ等を控えて、組織拡大に重点を置き、市民運動や労働組合、ワーキングプア層への浸透を図る戦術を採っている。これは1991年に中核派が「将来の武装闘争に備えてテロ・ゲリラ戦術を堅持しつつも、当面は武装闘争を控え、大衆闘争を基軸に党建設を重視する」との方針を決めた「五月テーゼ」（03年以降は「新指導路線」と呼んでいる）に基づいた戦術である。ここで注意しなければいけないのは組織拡大とは単に同派の同盟員を増やすことだけではなく、同派と関連がある労組・団体（影響の程度は団体によってかなり異なる）の拡大や設立、かつてはほとんど関係がなかった団体との交流による影響力拡大も含まれることである。労働運動の分野では自治体、郵政、教育、JRを「四大産別」として、労組への影響力拡大を図っている。また、毎年11月頃に「全国労働者総決起集会」を東京で開催しており、その動員数は年々増加傾向にある。2005年の「11.6全国労働者総決起集会」では過去最高の2700人を動員した（平成17年の警備情勢を顧みてより）。歴史教科書問題では、2005年、新しい歴史教科書をつくる会が執筆した扶桑社発行の 教科書採択反対運動に積極的に介入し、東京都杉並区などで激しい反対運動を起こしている。東京都杉並区、神奈川県相模原市、大阪府泉佐野市、高槻市、八尾市の議会には中核派系の議員がおり、議会への進出度は日本労働党と並び、日本の新左翼の中では屈指。東京都知事選で青島幸男、国政選挙で社会民主党（個人では大田昌秀ら）、9条ネットのZAKIを支持、中核派系政治団体「都政を革新する会」の長谷川英憲を支援した。長谷川は、1989年の東京都議選で当選しており、これは新左翼では史上初の都道府県議員であった。
2006年、労組内の主導権を重視する「労働戦線派」（多数派、安田・中野一派とも）と、これまでの路線を踏襲し各方面での大衆運動に関わることを重視する「諸戦線派」（少数派、塩川一派とも）の対立から、関西や九州などで「諸戦線派」に対する排除あるいは離脱などの内部対立が表面化した。同年に現役杉並区議2名も、議会闘争方針の対立から中核派の政治団体「都政を革新する会」から離脱し、「無所属区民派」を結成した。さらには運動の進め方を労働戦線に集中して、部落解放闘争を労働戦線の付随とするような運動方針をめぐって、これまで共闘関係にあった部落解放同盟全国連合会（全国連）とも関係が悪化し、2008年2月には全国連から「広島差別事件」として糾弾を受ける立場になった。中核派はこの問題において、糾弾を受けた2月時点では沈黙していたが、4月になって全国連を「塩川一派」と規定して機関紙で公然と批判し始め、公式サイトから全国連サイトへのリンクを削除しているなど、その対立の溝は拡大し始めている。更に杉並では都革新と無所属区民派の間で裁判沙汰となったり、中央に批判的な革共同関西地方委員会が独自に機関紙「革共同通信」、機関誌「展望」を発刊し執行部批判を展開するなど、泥沼の様相を見せている。